许多新颖的基因分型方法始终在溶液中进行，故称之为均相反应，其中一些从反应开始即无需更多的干预，另外一些则需要添加试剂的步骤，但无需分离纯化。均相反应通常很稳定，灵活性高，无需大量劳动，但其最大的缺陷是多重平行反应数量有限。固相反应是将反应起始物锚定在固相载体上，生化反应在载体表面进行，最终的目标产物与载体连接，过量的反应起始物、中间产物等经过简单的洗涤即可除去，极大地简化了反应中分离纯化的过程。基因分型中使用的固相载体包括载玻片、硅基片、颜色编码微球（微球所特有的颜色是识别探针的记号，微球在溶液中的反应较刚性片基更为充分）、微孔板的孔壁等。在一种策略中，寡核苷酸阵列作为反应器集合，靶DNA分子找到对应物后，大量分型反应在上面平行进行；在另一种策略中，寡核苷酸阵列用于对均相反应中进行的分型反应的产物进行分类（也平衍进行）。在两种情况中，寡核苷酸在微阵列中的特定位置是已知的，通过判断季一个特定的寡核苷酸与阳性信号相关即可推断基因分型结果。在固相载体上连厅基因分型的主要优点是可以同时分析大量遗传标志物(SNP)。除了节省时间、节约试剂外，平行进行大量反应降低了标本结果混淆的可能性，其主要缺点是阵列设计和多重反应的优化需要大量资金及时间的投入。

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