微测序法(mini sequencing)的实质是单核苷酸引物延伸(single nucleotide primer extension,SNuPE)或单碱基延伸(single base extension,SBE),其过程首先是用PCR扩增出含有靶SNP位点的一段DNA,然后在该产物中加入一条微测序引物在测序仪上进行碱基延伸反应,其中测序引物3 7端碱基紧邻多态性碱基,在DNA聚合酶的作用下,引物只进行一个碱基的延伸就终止反应,即只加上一个荧光标记的ddNTP就可经毛细管电泳检测出荧光信号类型而获得延伸碱基的信息。与其他方法相比,该法灵敏、重复率高,所使用的设备在大多数实验室都是常规装备,因而该法容易普及。但是微测序法也存在一定的问题,即当一个反应只检测一个SNP时其造价较高,而当一个反应检测多个SNP时又对复合PCR和延伸反应过程中所涉殁的所有引物要求严格,引物结构、浓度比例、退火温度要求适当,而且其测序引物的序列往往很长,甚至可超过50mer。
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